بخشی از زندگینامه او به گفته خودش بدین شرح است:
پدرم عبدالله از مردم بلخ بود در روزگار نوح پسر منصور سامانی به بخارا درآمد. بخارا در آن عهد از شهرهای بزرگ بود. پدرم کار دیوانی پیشه کرد و در روستای خرمیثن به کار گماشته شد. به نزدیکی آن روستا روستای افشنه بود. در آنجا پدر من، مادرم را به همسری برگزید و وی را به عقد خویش درآورد. نام مادرم ستاره بود من در ماه صفر سال ۳۷۰ از مادر زاده شدم نام مرا حسین گذاشتند چندی بعد پدرم به بخارا نقل مکان کرد در آنجا بود که مرا به آموزگاران سپرد تا قرآن و ادب بیاموزم. دهمین سال عمر خود را به پایان می بردم که در قرآن و ادب تبحر پیدا کردم آنچنانکه آموزگارانم از دانسته های من شگفتی می‌نمودند.
در آن هنگام مردی به نام ابو عبدالله به بخارا آمد او از دانشهای روزگار خود چیزهایی می دانست پدرم او را به خانه آورد تا شاید بتوانم از وی دانش بیشتری بیاموزم وقتی که ناتل به خانه ما آمد من نزد آموزگاری به نام اسماعیل زاهد فقه می آموختم و بهترین شاگرد او بودم و در بحث و جدل که شیوه دانشمندان آن زمان بود تخصصی داشتم. ناتلی به من منطق و هندسه آموخت و چون مرا در دانش اندوزی بسیار توانا دید به پدرم سفارش کرد که مبادا مرا جزبه کسب علم به کاری دیگر وادار سازد و به من نیز تاکید کرد جز دانش آموزی شغل دیگر بر نگزینم. من اندیشه خود را بدانچه ناتلی می گفت می گماشتم و در ذهنم به بررسی آن می پرداختم و آن را روشن تر و بهتر از آنچه استادم بود فرا می گرفتم تا اینکه منطق را نزد او به پایان رسانیدم و در این فن بر استاد خود برتری یافتم.
چون ناتلی از بخارا رفت من به تحقیق و مطالعه در علم الهی و طبیعی پرداختم اندکی بعد رغبتی در فراگرفتن علم طب در من پدیدار گشت. آنچه را پزشکان قدیم نوشته بودند همه را به دقت خواندم چون علم طب از علوم مشکل به شمار نمی رفت در کوتاهترین زمان در این رشته موفقیتهای بزرگ بدست آوردم تا آنجا که دانشمندان بزرگ علم طب به من روی آوردند و در نزد من به تحصیل اشتغال ورزیدند. من بیماران را درمان می کردم و در همان حال از علوم دیگر نیز غافل نبودم. منطق و فلسفه را دوباره به مطالعه گرفتم و به فلسفه بیشتر پرداختم و یک سال و نیم در این کار وقت صرف کردم. در این مدت کمتر شبی سپری شد که به بیداری نگذرانده باشم و کمتر روزی گذشت که جز به مطالعه به کار دیگری دست زده باشم.
بعد از آن به الهیات رو آوردم و به مطالعه کتاب ما بعد الطبیعه ارسطو اشتغال ورزیدم ولی چیزی از آن نمی فهمیدم و غرض مؤلف را از آن سخنان در نمی یافتم از این رو دوباره از سر خواندم و چهل بار تکرار کردم چنانکه مطالب آن را حفظ کرده بود من اما به حقیقت آن پی نبرده بودم. چهره مقصود در حجاب ابهام بود و من از خویشتن ناامید می شدم و می گفتم مرا در این دانش راهی نیست... یک روز عصر از بازار کتابفروشان می گذشتم کتابفروش دوره گردی کتابی را در دست داشت و به دنبال خریدار می گشت به من الحاح کرد که آن را بخرم من آن را خریدم ، اغراض مابعدالطبیعه نوشته ابو نصر فارابی، هنگامی که به در خانه رسیدم بیدرنگ به خواندن آن پرداختم و به حقیقت مابعدالطبیعه که همه آن را از بر داشتم پی بردم و دشواریهای آن بر من آسان گشت. از توفیق بزرگی که نصیبم شده بود بسیار شادمان شدم. فردای آن روز برای سپاس خداوند که در حل این مشکل مرا یاری فرمود. صدقه فراوان به درماندگان دادم. در این موقع سال ۳۸۷ بود و تازه ۱۷ سالگی را پشت سر نهاده بودم.
وقتی من وارد سال ۱۸ زندگی خود می شدم نوح پسر منصور سخت بیمار شد، اطباء از درمان وی درماندند و چون من در پزشکی آوازه و نام یافته بودم مرا به درگاه بردند و از نوح خواستند تا مرا به بالین خود فرا خواند. من نوح را درمان کردم و اجازه یافتم تا در کتابخانه او به مطالعه پردازم. کتابهای بسیاری در آنجا دیدم که اغلب مردم حتی نام آنها را نمی دانستند و من هم تا آن روز ندیده بودم. از مطالعه آنها بسیار سود جستم.
چندی پس از این ایام پدرم در گذشت و روزگار احوال مرا دگرگون ساخت من از بخارا به گرگانج خوارزم رفتم. چندی در آن دیار به عزت روزگار گذراندم نزد فرمانروای آنجا قربت پیدا کردم و به تالیف چند کتاب در آن شهر توفیق یافتم پیش از آن در بخارا نیز کتابهایی نوشته بودم. در این هنگام اوضاع جهان دگرگون شده بود ناچار من از گرگانج بیرون آمدم مدتی همچون آواره ای در شهرها می گشتم تا به گرگان رسیدم و از آنجا به دهستان رفتم و دوباره به گرگان بازگشتم و مدتی در آن شهر ماندم و کتابهایی تصنیف کردم. ابو عبید جوزجانی در گرگان به نزدم آمد.
ابو عبید جوزجانی گوید: این بود آنچه استادم از سرگذشت خود برایم حکایت کرد. چون من به خدمت او پیوستم تا پایان حیات با او بودم. بسیار چیزها از او فرا گرفتم و بسیاری از کتابهای او را تحریر کردم استادم پس از مدتی به ری رفت و به خدمت مجدالدوله از فرمانروایان دیلمی درآمد و وی را به بیماری سودا دچار شده بود درمان کرد و در آنجا به قزوین و از قزوین به همدان رفت و مدتی دراز در این شهر ماند و در همین شهر بود که استادم به وزارت شمس الدوله دیلمی فرمانروای همدان رسید. در همین اوقات استادم کتاب قانون را نوشت و تالیف کتاب عظیم شفا را به خواهش من آغاز کرد. چون شمس الدوله از جهان رفت و پسرش جانشین وی گردید استاد وزارت او را نپذیرفت و چندی بعد به او اتهام بستند که با فرمانروای اصفهان مکاتبه دارد و به همین دلیل به زندان گرفتار آمد 4 ماه در زندان بسر برد و در زندان 3 کتاب به رشته تحریر درآورد. پس از رهایی از زندان مدتی در همدان بود تا با جامه درویشان پنهانی از همدان بیرون رفت و به سوی اصفهان رهسپار گردید. من و برادرش و دو تن دیگر با وی همراه بودیم. پس از آنکه سختیهای بسیار کشیدیم به اصفهان در آمدیم. علاءالدوله فرمانروای اصفهان استادم را به گرمی پذیرفت و مقدم او را بسیار گرامی داشت و در سفر و حضر و به هنگام جنگ و صلح استاد را همراه و همنشین خود ساخت. استاد در این شهر کتاب شفاء را تکمیل کرد و به سال ۴۲۸ در سفری که به همراهی علاءالدوله به همدان می رفت، بیمار شد و در آن شهر در گذشت و هم در آن شهر به خاک سپرده شد.
جرج سارتن مي گويد : تمدن اسلامي نتيجه پيوند جوانه نيرومند عرب بر روي درخت تناور تمدن ايراني بود و راز نيرومندي عجيب و تحول ملكات و فضايل آن در همين مطلب نهفته است